Оценете
(0 гласа)

  обратно в категорията    

Добавки към електрофоретичните буфери – реагенти, влияещи на водородните връзки     

     При повечето електрофоретични подходи разтворът, покриващ гелната матрица, освен буферирашите соли съдържа и една или повече допълнителни субстанции. Функцията на тези вещества е да модифицират свойствата на изследваните молекули и обикновено се отнасят към една от следните три групи: влияещи на водородните връзки съединения, сърфактанти и редуциращи агенти. 

     Преди самата електрофореза към пробата може да се добавят уреа или формамид, за да разкъсат водородните връзки. Тези реагенти разрушават водородните връзки като заемат местата, на които възникват връзките. Водородните връзки са дипол-диполни взаимодействия, които възникват между полярни водород съдържащи функционални групи (амино или хидроскилни групи). Водордните връзки имат водещо значение за конформацията и разтворимостта на биомолекулите. Често се налага добавянето на един от двата или двата реагента за стандартизиране на пробите по конформация или за разтварянето им.

                                                                уреа        формамид 

     При денатуриращата ДНК и РНК електрофореза третирането с формамид и нагряване при пробоподготовката и след това с уреа в гелния буфер служат за късане на водородните връзки между азотните бази. Уреата и формамидът формират водородни връзки с функционалните групи на нуклеотидите, което води до разделяне на комплементарните вериги от двойноверижната ДНК и РНК, освен това и разрушават кинкове и бримки в едноверижните форми. Така получените молекули за дълги и изпънати и се минимизира влянието на малките разлики в конформацията на молекулите върху мобилността им при електрофореза. Този подход на работа често се обозначава на лабораторен език като електрофореза на уреа гел или електрофореза на денатуриращ гел. 

     Уреа може да се използва и при протеинови гелове, ако биомолекулите са неразтворими или агрегирани. За същите цели може да те използват и детергенти. Неприятен страничен ефект при използването на уреа за протеинови проби е възможността за формиране на цианатни йони, които ще взаимодействат с някои протеини, но TRIS буфер ефективно би защитил протеините. Ако не може да се използва този буфер, разрешение на проблема е пускане на гела за 30-40 минути преди добавяне на пробите или третиране на разтвора с йонообменна смола преди смесватето на гелния разтвор. 

 Свързани реагенти: